L'ospedale cittadino di San Giovanni
Il 14 marzo del 1610 viene posata la prima pietra per la costruzione del nuovo edificio di San Giovanni da destinare a ospedale della città. L’area individuata per questa nuova costruzione è quella adiacente alla chiesa di Santa Maria la Nova in cui era ospitata la parrocchia di San Giovanni Battista.
Nel 1726 il nuovo ospedale cittadino di San Giovanni viene affidato ai padri di San Giovanni di Dio.

Da ospedale a carcere di Matera
Nella prima metà del XVII secolo, in seguito a un aumento dei detenuti e all’incapacità delle carceri cittadine di contenerli tutti, la Regia udienza di Basilicata stabilisce il trasferimento di alcuni carcerati nei locali di San Giovanni dando inizio a una progressiva trasformazione in carcere della struttura e provocando, nel 1749, l’abbandono dell’edificio da parte dei padri di San Giovanni di Dio.
Dal 1825 tutti i detenuti vengono collocati nei locali di San Giovanni, che diventa l’unico carcere cittadino.

La struttura del carcere
La struttura si compone di una sequenza di ambienti, disposti su due livelli, che gravitano attorno a un cortile centrale. Il secondo livello è servito da un ballatoio che ha funzione di disimpegno.
Alla fine del XIX secolo il piano terra dell’edificio risulta composto da un androne d’ingresso con una cisterna sottostante, in cui sono raccolte le acque meteoriche, e da locali che erano destinati a ospitare le cucine e le celle degli uomini.
Il primo piano ospitava l’alloggio del capo guardia e la stanza del giudice istruttore, oltre alle celle riservate alle donne, a un'infermeria e al dormitorio delle guardie.
All’interno del cortile, è presente una piccola cappella semicircolare preceduta da alcuni gradini.

La Chiesa del Cristo Flagellato
Mentre l'ospedale di San Giovanni viene destinato a svolgere funzione di carcere cittadino, l’annessa chiesa del Cristo Flagellato conserva la sua originaria funzione di luogo di culto fino agli anni Settanta dell’Ottocento.
In seguito alla soppressione, nel luglio del 1866, degli ordini, delle corporazioni e delle congregazioni religiose, l’edificio viene assegnato alla congregazione di carità ‘degli Artieri’, che già si occupava della sua gestione.
La congregazione ne mantiene la custodia fino al 1877, quando la chiesa viene ceduta allo Stato per consentire l’ampliamento dei locali del carcere: viene così destinata, in parte, a corridoio, per garantire il passaggio delle guardie durante il servizio di ronda, e in parte a magazzino.
Con la ridefinizione del prospetto principale dell’edificio carcerario avvenuta negli anni Trenta del XX secolo, il fronte della piccola cappella è stato completamente cancellato a vantaggio della attuale definizione unitaria dell’intera facciata.

Cristo Flagellato Matera